Sfântul Scaun l-a numit în 1942 episcop al Diecezei de Satu Mare, iar în 1948 devine
episcopul comun al diecezelor reunite de Satu Mare şi Oradea. Sensibilitatea pentru problemele
sociale, apărarea celor nevoiaşi şi persecutaţi l-a însoţit pe întregul parcurs al vieţii sale. În timpul
celui de-al doilea război mondial, guvernul maghiar a suspendat, datorită intervenţiei sale,
internarea într-un domiciliu forţat a episcopului greco-catolic de Baia Mare, Alexandru Rusu. A
încercat să-i ajute pe evrei și pe toți cei deportaţi în lagăre de concentrare. Din această cauză
autorităţile l-au ameninţat că-l vor deporta şi pe el, dacă nu renunţă la apărarea lor. Şi-a salvat
preoţii ridicaţi cu forţa de trupele SS, iar în ianuarie 1945 a intervenit personal la prefectul român al
judeţului şi la comandantul sovietic ca să împiedice deportarea credincioşilor săi de origine
germană, pe şvabi, însă fără succes.

Şi-a atenţionat încă din 1943 preoţii şi credincioşii despre consecinţele războiului şi ale unui
posibil regim ateisto-comunist, despre persecuţiile şi suferinţele care sunt de aşteptat. A accentuat
necesitatea acceptării sacrificiului, ispăşirii şi pocăinţei. Şi-a atenţionat preoţii: bunul păstor nu dă
bir cu fugiţii şi a dat un exemplu personal atunci când nu a acceptat oferta de a prelua conducerea
unei dieceze din Ungaria.

Şi-a protejat preoţii de politica oricărui partid, dar confruntarea cu statul nu a putut să o evite
nici Biserica nici el. Guvernul român a denunţat la 19 iulie 1948 concordatul încheiat cu Sfântul
Scaun, iar noua lege a cultelor a desfiinţat Dieceza de Satu Mare-Oradea. Episcopul a fost pensionat
de către guvern, care i-a interzis exercitarea funcţiei episcopale.

A organizat în secret, pentru seminarişti, în diverse parohii din dieceză, aşa numita pregătire
teologică subterană. S-a confruntat cu intenţia autorităţilor comuniste care doreau să despartă
Biserica Catolică din România de Papa de la Roma. În probleme de principiu nu a fost dispus la nici
un compromis, rămânându-i necondiţionat fidel Papei.

La 23 mai 1950 a fost internat în conventul franciscan de la Baia de Criş (jud. Hunedoara),
pe care nu a avut voie să-l părăsească. A dat dovadă din nou de tărie de caracter atunci când puterea
comunistă din România s-a gândit la persoana sa pentru a conduce în Ardeal, în locul episcopului
Áron Márton, singura dieceză recunoscută, pe care o doreau independentă de Roma. Nu a acceptat
rolul de marionetă ce i-a fost rezervat, de aceea l-au arestat şi l-au deţinut între 11 martie şi 12
septembrie 1952 la Ministerul de Interne de la Bucureşti, iar de aici l-au dus la închisoarea de la
Jilava. Au iniţiat un proces inventat împotriva lui. Au vrut să îl învinuiască cu acuzaţiile obişnuite
în procesele politice născocite de comunişti: spionaj în favoarea Vaticanului şi trădare de ţară.
Procesul înscenat împotriva lui nu a mai avut loc deoarece torturile şi condiţiile inumane din
închisoare i-au distrus sănătatea. A murit la 6 decembrie 1952, în închisoarea de la Jilava.

A fost îngropat într-un mormânt nemarcat, dar locul exact a fost consemnat de preotul
ortodox al închisorii, care şi-a ajutat un coleg catolic să exhumeze rămăşiţele pământeşti ale episcopului şi să le transporte în secret acasă, la Satu Mare. Acolo au fost aşezate în cripta
Catedralei Romano-Catolice şi au rămas acolo până la 17 iunie 2011. Atunci au fost mutate într-un
nou loc de veci, sub un monument funerar ridicat chiar în înteriorul catedralei, în altarul secundar.

Cardinalul Angelo Amato, prefectul Congregaţiei pentru Cauzelor Sfinţilor a spus despre
fericitul Ioan că ne cheamă să fim statornici și puternici în trăirea celor zece porunci, a fericirilor
evanghelice și în mărturisirea acestora.

Rugăciune

Dumnezeule, care, pentru a da strălucire Bisericii tale,

ai binevoit să-l împodobeşti pe fericitul episcop Ioan cu biruinţa martiriului,
dă-ne cu îndurare harul,

ca, după cum el a fost părtaş de pătimirea Domnului,

să ne învrednicim şi noi a păşi pe urmele lui

şi a ajunge astfel la bucuriile veşnice. Amin.